廢水處理親和沉淀是分離過程的一部分，但是其沉淀原理與通常的沉淀方法有很大的不同。它是利用蛋白質與特定的生物的或合成的分子(免疫配位體、基質、輔酶等)之間高度專一的相互作用而設計出來的一種特殊選擇性的分離技術，所以其沉淀原理不是依據蛋白質溶解度的差異，而是依據“吸附”有特殊蛋白質的聚合物的溶解度的大小。親和過程提供了一個從復雜混合物中分離提取出單一產品的有效方法。
這個技術包含有三個步驟：①在初始階段，將一個目標蛋白質與鍵合在可溶性載體上的親和配位體絡合形成沉淀；②所得沉淀物用一種適當的緩沖溶液進行洗滌，洗去可能存在的雜質；③用一種適當的試劑將目標蛋白質從配位體中離解出來。
配位體可以是均相雙功能的，也可以是非均相雙功能的。均相雙功能配位體有兩個相同的親和配基聯結在一個可溶性載體上并用于沉淀多一亞單位蛋白質(或蛋白質單體用不只一個偶聯點的配位體)。例如每個蛋白質分子能結合不只一個配位體，每個配位體能結合至少兩個蛋白質分子并形成一個三維結構，這種配位體的型式如用Cibacron藍F3G—A三嗪染料衍生物來沉淀NAD相關的脫氫酶[1川。另一個例子是用在表面上的金屬配位殘基來沉淀蛋白質，將亞氨基二醋酸螯合的Cu(Ⅱ)復合體，固定到一個可溶性的聚乙二醇分子上并用于沉淀血紅球蛋白。
